Отто Кернберг родился в Вене. Семья Кернберга эмигрирует в Чили, спасаясь от нацизма. Поступает на медицинский факультет, затем изучает психиатрию и психоанализ в Чилийском психоаналитическом обществе. Вступил в Брак с 19-летеней Полиной, которая впоследствии также станет известным детским психоаналитиком. По стипендии Рокфеллеровского центра приезжает вместе со своей супругой в Балтимор. Проводит исследования в области психотерапии в Госпитале Джона Хопкинса. Окончательно переезжает из Чили в США. Начинает работу в Менингеровском госпитале. Становится трениг-аналитиком и супервизором в Институте психоанализа в Канзасе. Возглавляет Меннигеровский проект по исследованию психотерапии, который впоследствии получил большую известность. Получает награду имени Хайнца Хартмана от Нью-Йоркского психоаналитического общества. Переезжает в Нью-Йорк, где возглавляет Клинику при Нью-Йоркском психиатрическом институте. Отто Кернберг становится профессором, тренинг-аналитиком и супервизором в Колумбийском университете. Выходит первая книга Кернберга "Пограничные структуры и патологический нарциссизм". Становится профессором психиатрии в Корнуэльском университете. Возглавляет университетский центр по психоаналитическому обучению и исследованиям. Получает награду Эдварда Штекера от Института Пенсильвании. Получает награду Джорджа Дэниэлса от Ассоциации Психоаналитической медицины. Выходит книга "Тяжелые личностные расстройства: стратегии психотерапии", в которой Кернберг предлагает целостную схему диагностики и терапии пограничной личности. Выходит работа "Агрессия при расстройствах личности". Отто Кернберг избран президентом Международной психоаналитической ассоциации. Выходит книга "Любовные отношения: норма и патология". В возрасте 71 года, на 52 году брака умирает от рака жена Полина. Она была одним из крупнейших экспертов по влиянию развода на психическое развитие ребенка, а также автором нескольких книг и множества статей по детскому психоанализу. В соавторстве со своими учениками Кларкиным и Йомансом, Отто Кернберг выпускает книгу "Терапия, сфокусированная на переносе". В Корнуэльском университете активно разрабатывается техника терапии, направленной на лечение пограничной личностной организации.